La encefalitozoonosis se produce en los conejos a causa de un parásito interno (Encephalitozoon cuniculi) que también puede afectar a aves y roedores y que puede transmitirse a personas con las defensas bajas, por lo que habrá que extremar las precauciones. La encefalitozoonosis puede originarse por inhalación de esporas, ingesta o por transmisión de madres infectadas.
En cuanto a los síntomas de la encefalitozoonosis en los conejos, puede manifestarse de maneras diferentes o incluso no presentar síntomas si la infección permanece latente, algo que puede alargarse durante meses o años. Si la encefalitozoonosis se ha transmitido de madres a hijos, estos pueden padecer problemas oculares como cataratas o uveítis. Otros síntomas que nos indicarán que el conejo está infectado son que bebe mucha agua y orina en exceso, incluso con problemas de incontinencia. También puede sufrir complicaciones del sistema nervioso como ladeo de cabeza, convulsiones, falta de equilibrio, etc. La encefalitozoonosis puede detectarse en el colegio a través de un análisis de sangre en la mayoría de los casos, además de por la observación de estos síntomas.
Respecto al tratamiento de la encefalitozoonosis, la medicación que se da al conejo se centra en eliminar el parásito y aliviar los síntomas concretos que puedan darse en cada animal. El tratamiento es a largo plazo y en los casos más graves puede traer consecuencias neurológicas u oculares. Erradicar por completo el parásito causante de la encefalitozoonosis es muy difícil porque pueden quedar esporas enquistadas en algún órgano o volver a aparecer infecciones. Para prevenir de alguna manera su aparición debemos preservar la jaula con una buena higiene y también el ambiente donde esté el conejo.