La cobaya necesita de unos cuidados específicos respecto a su higiene que en primer lugar pasan por el cepillado de su pelo, sobre todo en aquellas que tienen el pelo largo o rizado, que precisan un cepillado casi diario.
Además, las cobayas necesitan un baño de vez en cuando aunque, excepto si se ensucian mucho, este debe realizarse unas dos veces al año. Es aconsejable bañarlas en primavera y en otoño, estaciones más templadas que evitarán algún catarro por el frío. Para bañar a la cobaya llenaremos la pila del baño o un barreño con un par de dedos de agua templada, la meteremos sin sumergirla y la mojaremos con la mano, evitando mojar la cabeza. Utilizaremos jabón especial para cobayas para enjabonarlas con mucho cuidado de que no le entre en los ojos.
Después de lavarla la envolveremos en una toalla para eliminar el agua y podemos aprovechar que está húmeda para desenredar o cortar el pelo si lo vemos necesario. La opción de usar secador dependerá del tipo de animal, a algunas les gusta y otras lo odian porque el susto que les da el ruido puede producirles un infarto o se pueden quemar por exceso de calor. También podemos secar a la cobaya poniéndola un rato al sol, sin que éste sea muy fuerte y dejándole agua para que vaya bebiendo.
Por otro lado, deberemos estar pendientes de cortarle las uñas ya que les crecen durante toda su vida, a diferente velocidad dependiendo de cada animal, a algunas se le desgastan solas de correr por cosa y a otras deberemos ser nosotros quien se las cortemos. El proceso de corte de uñas no le gusta nada a las cobayas, por lo que si no sabemos bien cómo hacerlo lo mejor será acudir al veterinario. Además, si cortamos por donde no se debe le provocaremos una hemorragia por lo que siempre iremos con mucho cuidado. El corte se debe hacer más o menos una vez al mes o cuando veamos que las uñas se doblan mucho, porque puede traer malformaciones y hacer que el animal camine mal.
Asimismo, deberemos estar al tanto del crecimiento de los dientes de la cobaya, observándolos casi cada semana y si vemos que babea en exceso acudiremos al veterinario para descargar cualquier enfermedad. Debemos prevenir el desgaste irregular de los mismos y evitar su crecimiento excesivo, porque puede producirle heridas o infecciones. Para un desgaste natural de los dientes podemos darle a la cobaya heno y verduras, y a veces también pan para que roa.
